Les principales maladies pouvant toucher les poissons sont dues à des parasites, à des virus, à des bactéries. Les maladies contagieuses sont les plus problématiques, car un seul individu peut contaminer rapidement tous les autres. Les maladies peuvent être causées par des bactéries, par des virus, des protozoaires.
L'ichtyophthirius ou maladie des points blancs est fréquente et très contagieuse.
L'oodinium ou maladie de velours est causée par un parasite (protozoaire).
Les poux de poisson sont des parasites qui s'accrochent au corps et entraînent un gonflement de la peau.
L'hydropisie ou ascite est causée par une bactérie ou des virus.
La lymphocytose est une maladie virale.
La columnariose ou moisissures de la bouche est souvent due à une surpopulation ou à un environnement contaminé.
La pourriture des nageoires est une maladie bactérienne mais qui est également provoquée par un champignon.
L'exophtalmie se traduit par un gonflement de l'œil qui peut devenir opaque.
La pourriture bactérienne des branchies entraîne la décoloration des branchies et la formation de zones laiteuses sur la peau.