Les infections bactériennes sont une menace à prendre au sérieux en cas de baignade, notamment la leptospirose qui peut être contractée en entrant en contact avec de l'eau douce contaminée par l'urine de rongeurs. Les staphylocoques et les pseudomonas présents dans les piscines ou les eaux peu chlorées peuvent provoquer des infections cutanées telles que la folliculite ou la "dermatite du baigneur". Le norovirus et le virus de l'hépatite A peuvent être présents dans des eaux polluées par des rejets d'égouts, entraînant des risques de gastro-entérite ou d'hépatite. Les mycoses, comme le pied d'athlète, peuvent être contractées dans les douches publiques ou autour des piscines. Naegleria fowleri, une amibe très rare mais dangereuse, peut se trouver dans des eaux chaudes et stagnantes, notamment aux États-Unis ou dans les pays tropicaux, et développer une méningite foudroyante accompagnée de maux de tête, de fièvre et/ou même d'un coma. Les cyanobactéries prolifèrent dans les eaux douces et chaudes, formant des nappes vertes ou bleutées, et certaines espèces sont susceptibles de produire des toxines potentiellement dangereuses pour la santé. Le Vibrio vulnificus, une bactérie présente dans l’eau salée, peut représenter une menace sérieuse en cas de plaies, en particulier chez les personnes immunodéprimées.