La température de l'eau est d'une importance fondamentale pour le bien-être de toute vie dans l'aquarium. La plupart des poissons sont poïkilothermes, ce qui signifie qu'ils ne régulent pas eux-mêmes leur température corporelle, mais qu'ils dépendent de leur environnement. Le métabolisme des êtres vivants poïkilothermes fonctionne au mieux à l'intérieur d'une plage de températures prédéfinie, typique de l'espèce.
Les températures optimales dépendent de différents facteurs, notamment de l'origine des espèces hébergées et de leurs conditions environnementales antérieures. Certaines espèces peuvent tolérer une très large plage de températures, comme les poissons rouges, qui se sentent bien dans une eau dont la température est comprise entre 5 et 27 °C environ.
D'autres espèces ne tolèrent qu'une plage relativement étroite, les coraux, par exemple, ont besoin de températures d'eau comprises entre 25 et 29 °C environ. Pour les aquariums d'eau douce tropicaux, les discus d'Amérique du Sud ont besoin d'environ 27 à 30 °C, tandis que les barbeaux-tigres, préfèrent une température de 25 à 27 °C. Il est tout aussi important de maintenir la température de l'eau de l'aquarium à un niveau constant que de rester dans la plage optimale.