Pour garder l'eau propre dans un aquarium poisson rouge, il faut avoir un système de filtration avec un débit au moins équivalent à 3 fois le volume de l'aquarium par heure, car le filtre permet de nettoyer l'eau en retenant les particules et les déchets en suspensions. Le filtre abrite également des populations de bactéries nécessaires à la dénitrification de l'eau. Il faut également avoir des plantes aquatiques dans l'aquarium, car elles aident à maintenir l'équilibre de l'écosystème. Il est important de ne pas changer toute l'eau à la fois, car cela perturbe le milieu, et il vaut mieux remplacer 1/5 de l'eau toutes les semaines ou tous les 15 jours. Il faut également éviter de trop nettoyer l'aquarium, car les graviers, les éléments de décoration et les filtres sont recouverts d'un film de bactéries bénéfiques qui sont nécessaires à la qualité de l'eau. Un nettoyage trop poussé détruit ces bactéries et il faut plusieurs semaines pour que l'équilibre se rétablisse. Il est également important de ne pas surpeupler l'aquarium, car cela déséquilibre le milieu et entraîne la mort des poissons, et de ne pas donner trop de nourriture, car les poissons rouges sont des goinfres et peuvent manger à s'en rendre malades.