Pour garder l'eau de votre aquarium propre, veillez à ne pas surpeupler votre aquarium, choisissez un système de filtration adéquat, installez des plantes purificatrices et oxygénantes, et ne placez pas l'aquarium au soleil. Donnez la juste quantité de nourriture, qui doit être avalée en moins d'une minute, et adoptez des poissons nettoyeurs. Réalisez un état des lieux quotidien pour pallier aux éventuels problèmes rapidement. Chaque semaine, nettoyez les vitres et le sol, commencez par les surfaces les plus hautes pour terminer par le sable, et changez 10% du volume d'eau. Tous les mois, nettoyez le système de filtration, les éléments de décoration, et taille les plantes. Si nécessaire, effectuez un changement d'eau plus important, en prélevant la nouvelle eau au robinet au moins 24 heures avant l'opération. Laissez reposer l'eau pour évacuer les composés chlorés, puis remettez tout en place, et ajoutez l'eau et du liquide d'ensemencement en bactéries. Laissez tourner le filtre une bonne heure avant de réintroduire les poissons.
Un nettoyage par semaine des vitres et du sol est cependant suffisant dans la majeure partie des cas si les paramètres cités au paragraphe précédent sont respectés. Le nettoyage du filtre interviendra quant à lui tous les mois, il ne devra jamais coïncider avec le changement d'eau afin de conserver un bon équilibre bactérien.
Commencez toujours par les surfaces les plus hautes pour terminer par le sable qui va recueillir les résidus de saletés lors du nettoyage des vitres et des plantes. Commencez par secouer les plantes puis ramassez les éventuels résidus avec une épuisette. À l'aide d'une éponge spécifique à long manche ou aimantée, nettoyez les vitres. Pour le sol, il suffit de remuer un peu le sable et d'aspirer la vase et les déchets avec un petit tuyau amorcé à la bouche.
Nettoyez le système de filtration à l'eau claire sans savon, avec une brosse à dents pour atteindre les grilles de filtration et les alvéoles de la mousse. Si nécessaire, changez le tissu en ouate et les charbons actifs. Sortez les éléments de décoration et brossez-les à l'eau claire avec un peu de vinaigre pour ôter les résidus accumulés et leur redonner un bel aspect, rincez bien avant de les réintroduire dans l'aquarium.