Pour filtrer naturellement l'eau de votre aquarium, il est essentiel de comprendre que les écosystèmes aquatiques d'eau douce peuvent traiter leurs déchets de manière naturelle. Un aquarium équilibré doit avoir un substrat de fond épais habité par de la microfaune et de la macrofaune, ainsi que des roches ou du bois recouverts de tapis bactériens. Cela signifie que l'aquarium doit être conçu pour faciliter l'observation d'un écosystème aquatique complet, y compris la microfaune sur laquelle repose la structure biologique du biotope.
Les masses filtrantes artificielles ne font que combler le handicap d'un système écologique boiteux en retenant ce qui devrait alimenter les détritivores, la microfaune, et la macrofaune. En revanche, un aquarium bien conçu permettra aux bactéries et aux végétaux d'éliminer totalement les restes, faisant ainsi du filtre mécanisé quelque chose d'inutile.
Lorsqu'on évoque la possibilité de maintenir un aquarium d'eau douce sans filtration artificielle, certains amateurs de poissons lacustres soulèvent des inquiétudes quant à l'absence de plantes et à l'élimination des nitrates. Cependant, dans ces milieux, les algues peuvent remplacer le rôle biochimique des plantes, notamment dans les écosystèmes rocheux comme ceux du lac Malawi ou du lac Tanganyika.
En fin de compte, si vous offrez à la nature captive tout ce dont elle a besoin pour faire son travail d'épuration, elle le fera assurément. Cela implique de fournir un environnement riche en microfaune, en macrofaune, et en éléments nécessaires pour que les processus naturels d'épuration de l'eau puissent se dérouler sans l'aide de filtres mécanisés.